Если детально разбираться в работе винды и точно знать все размеры/содержимое файлов - можно и без антивируса быть уверенным в отсутствии вирусов...
Только это практически нереально

Разве что держать рядом эталонную, заведомо чистую систему, и постоянно с ней сравнивать. Теоретически, чем-то типа AVZ в сочетании с виртуальной машиной это сделать реально, а практически обычно более интересные и/или нужные дела находятся... Причем это допустимо только для своего компьютера, а когда надо провести диагностику компьютера чужого, который обновлялся непонятно как и ставили на него невесть что, то и взаправду
что на компьютере нет вирусов можно убедиться только имея антивирус
...а лучше - несколько