Если тебя вот это не смущает, то способ очень прост: ставишь Win98 на отдельный HDD, подключаешь свой контроллер и ставишь дрова к нему, потом переключаешь HDD к контроллеру (вариант - клонируешь HDD) - всё должно запуститься...
Какое клонирование, вы чего? 98я нормально запускается из под ДОСа, который спокойно грузится с флешки
