Вообщем закрывая тему подвёл итог - перебрал за эти дни по одному все накопители и нашёл тот, что приводил к лагам клавиатуры, им оказался "Samsung HD204UI 2ТБ 5400" купленный лет 10 или больше назад. В его SMART нет никаких проблем, сам он исправно работает, но само его наличие вызывает лаги клавиатуры при любых операциях чтения/записи, даже если эти операции данный диск вообще никак не затрагивают - уж не знаю почему.
Снятие диска решило проблему полностью, даже яндекс диск перестал тупить при синхронизации, но вопросы о причинах никуда не делись - не понимаю, почему лаги возникали исключительно у клавиатуры, а не где-либо ещё и как исправный диск может их вызывать, потому что я прогнал его встроенным тестом винды, потом сделал полное форматирование, потом тест поверхности в виктории - есть блоки с увеличенным временем доступа, но не критичные.
