Не лучшее время выбрали, но раз надо то надо.
Нет, не порежется.
M.2 на Asus Prime B250-plus работают от чипсета.
PCIe x16 - от процессора. Независимо друг от друга.
В мануале на плату такая запись есть. Как ее понимать?

То есть, если ssd вставлен в m2_1 слот pci-e, то второй слот Pci-e x16 будет работать в режиме x1? А первый слот pci-e x16 останется не тронутым?