[Ubuntu] нативный LinSMP

[[kane]Enforce]

Небольшой FAQ "от чайника для чайников"

Все опыты проводились на CD дистрибутиве Ubuntu 10.04.2 LTS x64

Некоторые аспекты:

1. При установке я выбрал англ версию ОС, т.к. с русской версией, а точнее с русскими названиями папок, в дальнейшем могут возникнуть проблемы в терминале + в том же терминале тратится лишнее время на переключение раскладок при наборе команды.


2. Устанавливать ОС желательно на отдельный HDD, у меня для этих целей прекрасно подошёл старенький макстор на 20 гигабайт. Раздел на диске должен быть один.
2.1. Во время установки ОС необходимо в качестве файловой системы выбрать ext3 вместо ext4. Для этого выбираем "Указать разделы вручную".
2.2. Удаляем все имеющиеся разделы, затем создаём новую таблицу разделов (New Partition Table). У нас появится один раздел "Свободное место". Выделяем его и жмём "Добавить" (Add). Всё свободное место на HDD будет разделено на две части: первая - под ОС, она равна ёмкость HDD минус 2 гига; вторая - своп.
2.3. Итак, создаём первый раздел равный полной ёмкости жёсткого диска минус 2 гига. В опциях раздела выбираем "Ext3 journaling file system", выбираем "Монтировать" (mount point) в корне "/". Жмём "Ок".
2.4. На оставшемся свободном месте (должно быть около 2 гигов) делаем ещё один раздел, в свойствах которого выбираем "Использовать как своп" ("Use as: swap area").
В итоге должно получиться что то типа

скрин не мой, взят для убунту 10.10 в виртуальной машине.


3. После установки обязательно обновление системы:
3.1. Панель сверху рабочего стола (своего рода таскбар виндовый) System > Administration > Apdate Manager
3.2. Открываем терминал Applications> Accessories> Terminal (для удобства значок терминала можно перетащить на "таскбар", получится своего рода ярлык). В терминале выполняем команду

sudo apt-get install build-essential

4. У меня после установки убунты не хватало драйверов для видюхи, поэтому вместо должного разрешения 1680х1050 максимально доступное было 1280х1024. Для устранения этой проблемы ставим драйверы. У меня GeForce GTX460, поэтому пример именно для карт nVidia.
4.1. Здесь выбираем нужные нам драйвера и скачиваем их на рабочий стол.
4.2. Выполняем

sudo apt-get purge nvidia-*

4.3. На рабочем столе через контектстное меню создаём файл Create Document> Empty File с именем "nvidia-graphics-drivers.conf" и содержанием

blacklist vga16fb
blacklist nouveau
blacklist lbm-nouveau
blacklist nvidia-173
blacklist nvidia-96
blacklist nvidia-current
blacklist nvidiafb

4.4. Выполняем

cd ~/Desktop
sudo mv nvidia-graphics-drivers.conf /etc/modprobe.d/

4.5. Создаём ещё один файл Desktop > Rightclick> Create Document> Empty File с именем "xorg.conf" и содержанием

Section "Device"
Identifier "Device0"
Driver "nvidia"
VendorName "NVIDIA Corporation"
EndSection

4.6. Выполняем

cd ~/Desktop/
sudo mv xorg.conf /etc/X11/

4.7. Перезагружаемся. После ребута выдаст какое то уведомление, выбираем Low Graphics option (самая верхняя строчка должна быть).
4.8. Теперь очень поможет второй комп или ноутбук, если таковых нет, то на листке бумаги записываем команды

sudo sh ~/Desktop/NVIDIA*.run

и

sudo service gdm start

Эти команды будут нужны дальше, и подсмотреть их будет негде кроме листа бумаги или на втором компе. Как вариант распечатать этот мануал из винды.
4.9. Выполняем

sudo service gdm stop

Появится чёрный пустой экран и текстовый ввод. Вводим своё имя пользователя и пароль от ОС. Далее по записанной на листке бумаги команде ставим драйвера

sudo sh ~/Desktop/NVIDIA*.run

В процессе нужно будет нажать "Accept", потом прочитать соглашение нажать "Ok". Когда спросят про OpenGL ответить "No". И в конце со всем соглашаться.
Теперь по второй записанной команде снова логинимся

sudo service gdm start

5. Без Wine (позволяет запускать в линуксе виндовые программы) никуда. Ставим

sudo apt-get install wine

5.1. Настраиваем Applications> Wine> Configure Wine. Нужно убедиться что во вкладке Applications, внизу в "Windows version" выбрано "Windows XP".


6. Русские числовые стандарты и русская раскладка клавиатуры будет не лишней. Ставим System > Administration > Language Support > Install/Remove Languages... выбираем и ставим родной язык. Нажимаем кнопочку "Apply System-Wide...". Можно ещё и менюшки сделать на русском, но я оставил английские.
6.1. Далее идём System > Preferences > Keyboard > Layouts > Add... находим русскую раскладку и ставим её. Тут же кнопка "Options", жирным выделен пункт "Key(s) to change layout", тут выбираем удобное сочетание клавиш для переключения раскладки. Мне уже привычно виндовое Alt+Shift.

Установка LinSMP клиента:

Открываем терминал (Applications > Accessories > Terminal или со значка в "таскбаре"). И поочерёдно вставляем туда эти команды (вставка по правой клавише мыши):

создание папки клиента в home\*USERNAME*\

mkdir ~/smp

переход в папку клиента

cd ~/smp

закачка архива с клиентом

wget http://www.stanford.edu/group/pandegroup/folding/release/FAH6.34-Linux64.tgz

распаковка клиента

tar xf ./FAH6.34-Linux64.tgz

присвоение флага "исполняемый файл"

chmod +x fah6

запуск клиента только для конфигурации

./fah6 -configonly

Конфигурируем клиента на свой ник/пасскей.

Автозапуск клиента при старте ОС:

1. Идём в папку с клиентом (скорее всего home\*USERNAME*\smp). Там создаём пустой файл с именем "fah.sh" и содержанием

cd smp
./fah6 -smp -forceasm -verbosity 9 -bigadv

В свойствах этого файла, во вкладке "Permissions tab" ставим галочку на "Allow executing file as a program". Этот файл своего рода ярлык для запуска клиента.

2. Идём "System > Preferences > Startup Applications" там в первой вкладке жмём "Add", вводим любое имя, например, "SMP". Далее в поле "Command" выбираем наш скрипт "fah.sh" из папки с клиентом (/home/*USERNAME*/smp). Поле "Comment" можно оставить пустым. Жмём"Add", в принципе автозапуск готов.

Мониторинг при помощи FahSpy через Wine:

1. Идём в папку юзера "Places > Home Folder" и создаём там папку, в которую распаковываем fahspy из архива.

2. В свойствах "FahSpy.exe", во вкладке "Permissions" ставим галочку на "Allow executing file as a program", во вкладке "Open With" выбираем "Wine Windows Program Loader".

3. Для запуска FahSpy при загрузке ОС, делаем то же самое что и со скримтом "fah.sh" - таким же образом добавляем в автозапуск.

[[kane]Enforce]

Ловля ББЖ (6903/6904) и расчёт на машинах с менее чем 12 расчётными потоками.

1. Устанавливаем и настраиваем под себя клиент. В экстра параметрах ничего не указываем в остальном конфиг такой же как и для ВинСМП.

2. В папке с клиентом создаём пустой файл с именем "corefix.sh" и содержанием

echo "yourpassword" | sudo -S cat /proc/stat | awk 'BEGIN { TARGET_NCPUS=12 } ; { if ($1 == "intr") { for (i=NR-2;i<TARGET_NCPUS;i++) print "cpu" i S } ; S="" ; for (i=2;i<=NF;i++) S=S " " $i ; print }' > /tmp/stat.save
 echo "yourpassword" | sudo -S mount --bind /tmp/stat.save /proc/stat

где yourpassword это ваш админский пароль.

В свойствах этого файла, во вкладке "Разрешения" ставим галочку "Разрешить исполнять как программу".

3. В папке с клиентом создаём пустой файл с именем "fah.sh" и содержанием

sleep 10
cd smp
./fah6 -smp 8 -bigadv

Здесь "sleep 10" - это отсроченный на 10 сек. запуск скрипта. В принципе я выставил десять, наугад. Но этот скрипт обязательно должен запускаться только после corefix.sh иначе система будет видеть реальное количество ядер/потоков в системе.
"cd smp" - переход в папку с клиентом, у меня папка с клиентом находится в домашней папке юзера, поэтому команда такая короткая.
"-smp 8" - здесь указываем сколько в системе реально ядер/потоков, ну или сколько вы хотите отдать под расчёты.

В свойствах этого файла, во вкладке "Разрешения" ставим галочку "Разрешить исполнять как программу".

4. Добавляем оба эти скрипта в автозагрузку и радуемся жизни.


P.S. учтите что поймать вкусную жабу с первого раза не всегда удаётся.

[noname2]

На i7-930@4000 / i7-870@4000 / X6@4070 реально считать? Не хочется пока по теме Статистика и дедлайнам прикидывать.

Добавлено через 2 минуты

http://forums.overclockers.ru/viewto...62582#p8762582
Оп-па! Очень удобно.

[[kane]Enforce]

noname2, реально. Я вычитал это у ОЦН, там было это для Х6 написано. В качестве рекомендаций только счёт 24/7 и на частоте не ниже 4.0, у тебя это всё наверно есть, так что вперёд

Кстати, если ты ещё убунту не ставил, когда будешь ставить там с файловой системой заморочка есть. Стандартно ставится ext4, а надо ручками делать ext3+swap. Сегодня постараюсь об этом дописать (с картинкой) в первый пост. Пишут что такое решение ускоряет процесс получения задания/отправку резалтов. Так же пишут что версия 11.04 медленнее, чем 10.10, но у меня 10.04.2 так что хз, думаю между 10.04.2 и 10.10 разницы мало.

На выходных, если будет время, попробую убунту 10.10 в виртуалке. Сравню на сколько жизнеспособен мой фак для этой версии ОС и заодно какой будет ППД в виртуалке.

[malTTa]

Цитата ([kane) »

Enforce;2009403]а надо ручками делать ext3+swap

если перезагружаешься редко, то можно просто в терменале прописать

sudo mount / -o barrier=0,remount

и всё. Правда при перезагрузке данный трюк слетает и его надо снова повторять.
ЗЫ: Немного не удобно когда мониторинг загрузки ЦП не работает...

[Behc]

malTTa
Может тогда уж в fstab проще.

[hdwr]

Камрады, не бейте за дурацкие вопросы , подскажите, а как в этой жутко неудобной убунте запускать смп клиент так, что бы он был в окне терминала. Вручную всё понятно, а вот при помощи .sh файла он запускается как служба в винде. Команда kill это вообще корректное завершение работающего процесса или есть чего другое?

Кстати, по поводу установки дров видеокарты. У меня была ати, и с установкой дров на неё самостоятельно справилась какая то штатная прога, живущая в Система-Администрирование-Драйверы устройств. Я так понимаю, что эта штука переварит любые(?) проприетарные дрова...

Единственно, чего осталось осилить - фахспай почему-то не видит состояние клиента через расшаренную папку, хотя все файлы там есть и можно любой просмотреть...а он пишет, что клиент остановлен и ни в какую...

[[kane]Enforce]

Цитата (hdwr) »

Команда kill это вообще корректное завершение работающего процесса или есть чего другое?

Да нормально вроде, я всегда киляю если нужно.

Цитата (hdwr) »

Кстати, по поводу установки дров видеокарты. У меня была ати, и с установкой дров на неё самостоятельно справилась какая то штатная прога, живущая в Система-Администрирование-Драйверы устройств.

Вполне возможно что и эта утилита хорошо справляется, не думаю что она сделана быть бесполезной Я просто сам новичок в убунте и линуксе в целом, потому стараюсь больше в терминале работать, чтоб команды и принцип работы немного запоминать + нВидийные дрова ставятся через какой то Х, потому там такой геморный мануал.

Цитата (hdwr) »

Единственно, чего осталось осилить - фахспай почему-то не видит состояние клиента через расшаренную папку, хотя все файлы там есть и можно любой просмотреть...а он пишет, что клиент остановлен и ни в какую...

Тебе нужно, когда расшариваешь папку с клиентом, поставить две галочки, которые там есть. Там вроде "Можно изменять" и "Присвоить права всем файлам папки". Когда это сделает выскочит сообщение, там нужно выбрать "Присвоить права автоматически" (в версии 10.04.2 LTS х64 это правая кнопка.
Кстати после чистки папки с клиентом и/или ручной правки одного из файлов, у меня слетает шара, т.е. она есть, но клиент не мониторится. Лечится повторным расшариванием (сначала убираем шару, потом снова расшариваем папку).


Про запуск в окне терминала, ищу, где то видел, позже отпишусь.

[malTTa]

Цитата (hdwr) »

как в этой жутко неудобной убунте запускать смп клиент так, что бы он был в окне терминала

fah.sh убрать из автозагрузки и запускать клиента в окне терминала

cd /"папка с клиентом"
./fah6 -smp x -bigadv

, где х - кол-во реальных потоков в системе.

[[kane]Enforce]

Цитата (malTTa) »

fah.sh убрать из автозагрузки и запускать клиента в окне терминала

cd /"папка с клиентом"
./fah6 -smp x -bigadv

, где х - кол-во реальных потоков в системе.

Это "ручками", я так понял нужен автозапуск при старте системы.

Цитата (hdwr) »

Камрады, не бейте за дурацкие вопросы , подскажите, а как в этой жутко неудобной убунте запускать смп клиент так, что бы он был в окне терминала. Вручную всё понятно, а вот при помощи .sh файла он запускается как служба в винде.

А в свойствах файла нет "запускать в окне терминала"? Просто машина с убунтой у меня на работе, сам проверить не могу

Есть ещё способ.
1. Открываем терминал, EDIT, Profiles. Создаём новый профиль "fah6smp" на основе дефолта.

2. Во второй вкладке "Title and Command" ставим галочки "Run command as a login shell" и "Run a custom command instead".

3. В строке "Custom command" пишем

/home/username/fah/fah6 -smp X -bigadv

4. В выпадающей менюшке "When command exits:" выбираем "Hold the terminal open" - это значит что при старте ОС, выполнится наша команда по запуску клиента, окно терминала не закроется и будет активно.

5. Всё, можно всё закрывать.

6. Теперь скрипт для запуска клиента редактируем, открываем его и

sleep 10
cd smp
./fah6 -smp 8 -bigadv

заменяем на

sleep 10
cd smp
gnome-terminal --profile=fah6smp

Должно сработать.